Sono oscure le origini storiche di Saponara: il silenzio degli storici e l'assenza di significative scoperte archeologiche impediscono di far luce sulla formazione e la storia più antica dell'insediamento. Il convincimento tradizionale che fissa intorno all'anno mille l'origine di Saponara risulta sprovvisto di idonea documentazione anche se non sono mancate segnalazioni di ritrovamenti archeologici mai però approfonditi in modo tale da poterne ricavare elementi di giudizio. Particolarmente rilevante sembra il ritrovamento di alcuni dischi di colonne fittili nella pianeggiante contrada Baronello: il dato potrebbe essere indicativo della presenza di una villa rustica e del relativo abitato rurale in epoca romana. La tesi tradizionale che fissa intorno all'anno mille la nascita di Saponara ci riporta ad una delle fasi più drammatiche e significative della storia degli insediamenti umani in Sicilia: sotto l'incalzare degli invasori musulmani i bizantini furono costretti a ideare una radicale trasformazione degli insediamenti. Le città sul mare, infatti, già in decadenza, perdono gran parte della loro importanza e gli insediamenti si spostano verso posizione naturalmente più munite. Il fenomeno è noto come Incastellamento ed ha riguardato anche Saponara; le caratteristiche del castello dimostrano che la struttura fu realizzata intorno ad una posizione naturalmente forte mediante l'aggiunta di modeste e sommarie strutture murarie. Inoltre l'abitato storico, nelle sue componenti, rivela appunto l'intendimento di creare un centro ben difeso, raccolto ai piedi del castello e nascosto verso il mare, in modo da poter organizzare la difesa sia raggiungendo il castello che dileguandosi per i monti all'arrivo degli invasori.